Au beau milieu du XVIIe siècle, grâce à l'émergence de la méthodologie scientifique, une grande période de changement eut lieu : la révolution scientifique. De nombreux scientifiques de renom, avec leurs idées et leurs théories, changèrent la perception de notre univers : Galilée, Copernic, Kepler, Bacon et, surtout, Sir Isaac Newton.

Dans Newton, les joueurs prennent le rôle d'un jeune scientifique qui veut devenir un des plus grands génie de cette époque. Pour cela, ils voyagent dans toute l'Europe, visitent des universités et des villes, étudient pour découvrir de nouvelles théories, construisent de nouveaux outils et travaillent pour gagner de l'argent.